Le partage des connaissances a un rôle d’accélérateur dans les progrès scientifiques. Dans une perspective de «science ouverte» le projet Blue Brain de l’EPFL a créé et livré à la communauté le «Blue Brain Nexus», un outil destiné à la constitution de plate-formes d’intégration de données. Le Blue Brain Nexus accélère la recherche basée sur les données via des outils de recherche, d’intégration et de suivi de bases de données et de modèles.
Le projet Blue Brain de l’EPFL annonce aujourd’hui le lancement de son logiciel open-source «Blue Brain Nexus», conçu afin de réaliser les objectifs de la recherche scientifique dite «FAIR» (findable, accessible, interoperable and reusable) dans le domaines de neurosciences ainsi que d’autres champs de recherche. Cette initiative s’incrit dans la démarche Open Science de l’EPFL, qui vise à optimiser la portée et l’impact des travaux menés dans l’Ecole par le biais d’un partage maximal.
Le but du Blue Brain Project est de construire des simulations numériques précises, biologiquement détaillées, du cerveau de rongeurs – et, au bout du compte, du cerveau humain. Le Blue Brain Nexus joue un rôle-clé dans toutes les étapes de modélisation, qui incluent les données expérimentales, les modèles unicellulaires, les modèles de circuits, les simulations et les validations.
Le cerveau est un système complexe, à multiples niveaux, et consitue l’un des problèmes de «Big Data» les plus cruciaux à ce jour. Le Blue Brain Nexus a été conçu de manière à organiser, conserver et exploiter des volumes de données exceptionnellement importants, et peut accepter simultanément de multiples utilisateurs et contributeurs.
Au cœur du Blue Brain Nexus se trouve un dispositif nommé «Knowledge Graph», fonctionnant à la fois comme base de données et catalogue de métadonnées. Cet outil est indépendant du champ de recherche impliqué, ce qui signifiqe qu’il pourra tout aussi bien servir les intérêts d’autres domaines scientifiques, tels que l’astronomie, la recherche médicale ou l’agriculture par exemple. Les services du Blue Brain Nexus sont par ailleurs déjà en cours d’évaluation par la plateforme neuroinformatique de l’initiative européenne Human Brain Project.
Dédié spécifiquement à faire progresser la recherche, le «Knowledge Graph» met au premier plan la provenance des données et leur utilisation. Ceci permet aux chercheurs d’en estimer la qualité, et de les utiliser en toute confiance. Une autre caractéristique du Nexus est la possibilité d’y opérer des recherches sémantiques, où les critères sont intégrés dans les données au même titre que leur provenance, permettant aux scientifiques de découvrir facilement et d’accéder à de nouvelles données pertinentes pour leurs travaux.
Professeur à l’EPFL, Sean Hill remarque que «presque toutes les sciences s’appuient désormais sur des données. Le Blue Brain Nexus représente le point culminant d’années de recherches dédiées à la constitution d’une plate-forme de gestion sémantique des données de première qualité. Nous sommes impatients de voir ce que la communauté scientifique fera de cet outil!»
Disponible sous licence «Apache 2», le Blue Brain Nexus peut être consulté à l’adresse: https://github.com/BlueBrain/nexus
https://actu.epfl.ch/news/blue-brain-nexus-un-nouvel-outil-collaboratif-pour/
https://documents.epfl.ch/groups/e/ep/epflmedia/www/20180110_BlueBrainNexus/
https://github.com/BlueBrain/nexus
